Hernán Cortés utilizó un estandarte rojo e insertó la costumbre de honrar al símbolo de lo que llamó el paseo del pendón. El Cabildo de la Ciudad de México lo cambió por uno de color verde y rojo, para finalizar la ocupación con el estandarte virreinal. Miguel Hidalgo, enarboló el estandarte de la Virgen de Guadalupe el 16 de septiembre de 1810. Morelos tuvo su bandera, de color azul pálido, formando un cuadrilongo, con el águila coronada casi de perfil sobre un nopal y las iniciales de Viva la Virgen María entre los arcos del acueducto. La de los insurgentes era rectangular con tres franjas verticales, blanco, azul y rojo, en este orden; el blanco y el azul simbolizaban la casa de Moctezuma y el rojo el de Castilla. El abrazo de Acatempam entre Vicente Guerrero por los insurgentes y por el realista, Agustín de Iturbide, el 24 de febrero de 1821, provocó el nacimiento de nuestra bandera. Un lábaro que portaba los tres colores tradicionales en diagonal: blanco, verde y rojo. 

El blanco significaba la pureza de la religión católica, el verde la independencia y el rojo la unión con los españoles; bandera llamada de las Tres Garantías o Bandera Trigarante, donde resaltaban tres estrellas amarillas de cinco puntas, una en cada color. Iturbide ordenó como emperador de México, cambiar los tres colores para colocarlos en forma vertical en el orden que hoy conocemos y en el centro del color blanco, un águila sola, de frente, con ambas garras sobre un nopal, con las alas abiertas, ciñendo una corona imperial. Muerto el efímero Imperio, el águila se le representó de acuerdo a la tradición indígena: De perfil, sin la corona, devorando una serpiente, con ramas de encino y laurel. En 1825, el águila es presentada de frente con las alas extendidas y por primera vez, aparecen el nopal y la peña. En 1834, se dispuso que la bandera se izara en los edificios públicos en las fechas en que se celebraran ceremonias cívicas oficiales. 

El 24 de febrero de 1837, se conmemoró por primera vez el día de la bandera, ante la estatua de don Vicente Guerrero. Maximiliano le colocó una vez más la corona imperial sobre la cabeza del águila. Benito Juárez portó la bandera llamada Supremos Poderes, con el águila de frente y las alas desplegadas devorando una serpiente. Porfirio Díaz la despojó de todo símbolo monárquico y le agregó laureles alrededor del águila, que sostenía en su pico y en la garra derecha una serpiente, todo sobre un nopal en un trozo de tierra en el centro de un lago. En 1916, vuelve el águila de perfil y se le agregó una rama de laurel y otra de encina, ambas entrelazadas en su base por una cinta tricolor, según diseño de don Antonio Gómez. El 5 de febrero de 1934, se dispuso que las guirnaldas de encino y laurel cerraran el escudo nacional en forma de círculo y a partir de 1940, todos los mexicanos honramos nuestra bandera cada 24 de febrero. 

En 1968, conforme al diseño de Francisco Eppens Helguera, se representa el águila tal como le conocemos en la actualidad.