La Aduana de Piedras Negras se creó el 26 de agosto de 1855, había sido removida después de la guerra con los Estados Unidos el 5 de mayo de 1848 de Nacogdoches en Texas a Río Grande, hoy villa de Guerrero y de ahí a Piedras Negras. 

El gobernador de Nuevo León y Coahuila, Santiago Vidaurri, a cuya iniciativa se había instalado la Aduana y que había anexado Coahuila a su estado, liberó el comercio, estableciendo en marzo de 1856 un arancel para el tráfico internacional, en lugar de las dos terceras partes, se quedó con el total y con estas recaudaciones sufragaba el alto costo que le representaba el mantenimiento del ejército del norte que no sólo dominaron Coahuila, sino Tamaulipas y parte de San Luis Potosí, que manejaba a su antojo. 

Durante la guerra civil norteamericana se exportaban los productos sureños que no podían embarcarse en los puertos norteamericanos del océano Atlántico y del Golfo de México. Por Piedras Negras pasaba el algodón texano rumbo a Inglaterra, Francia y Bélgica en Europa. 

Se exportaban a Estados Unidos una gran cantidad de mulas, caballos, cueros, cereales, algodón lagunero, armas, etc. 

De Estados Unidos llegaban algodón, tabaco, textiles y maquinaria. Las mercancías cruzaban el río Bravo en chalanes y barcazas, cuya carga se cobraba en la Aduana a 6 centavos y 4 por cada bulto hasta de seis arrobas. 

Por cada guayín cargado con su tiro de mulas se cobraba 2 pesos, las carretas con bueyes con carga pagaban un peso, los carretones de dos ruedas: 37 centavos y medio y las personas sólo 6 centavos. 

En épocas de creciente en el río, las cuotas se duplicaban. Vidaurri aplicó de nuevo en junio de 1860 el arancel Vidaurri, ahora con el 50% de descuento. 

Durante la guerra de secesión, los puertos norteamericanos fueron cerrados y el tráfico del algodón se hacía por la aduana preferida por Vidaurri: La de Piedras Negras. De aquí los cargamentos se dirigían a Monterrey. Uno de los factores que disgustaron al presidente de la República, Lic. Benito Juárez en contra de Vidaurri, fue el que no quisiera entregar al gobierno federal el capital que se cobraba en la Aduana de Piedras Negras, dinero que necesitaba el presidente Juárez para continuar luchando en contra de la invasión francesa, así que no es de extrañarse la decisión del presidente Juárez de separar el estado de Coahuila del de Nuevo León en 1864, que acabó con la fuente de abastecimiento económico de Vidaurri, un gobernante que durante la unión de las dos entidades no benefició a ninguna población coahuilense, a excepción de Piedras Negras. 

En 1862 la Aduana de Piedras Negras era un importante centro de comercio y transporte aún después de finalizada esa guerra, donde bajó el movimiento aduanal. La Aduana tiene 171 años de funcionar en Piedras Negras.