La principal causa de la muerte masiva de los indígenas tras la conquista fueron las epidemias originadas en México no por las enfermedades traídas por españoles como se creía, según una investigación de la UNAM, a cargo del Dr. Rodolfo Acuña, “asegurando que las principales responsables del fenómeno fueron enfermedades “muy particulares” con “un origen muy oscuro” y que nada tenían que ver con la viruela, el sarampión o la peste, traídas por los españoles”. Considero “que la hipótesis original ha sido sostenida durante años por ser “la más cómoda para la ideología nacional, que la estableció como verdadera””. “El especialista ha desenterrado en los últimos años los archivos históricos de ciudades y edificios religiosos mexicanos con datos acerca de las enfermedades que a lo largo de la historia han afectado a la población local. Con su labor ha concluido que 2 fueron las enfermedades más mortíferas para los indígenas, el cocoliztli y el matlazahuatl, y ninguna de ellas tiene un equivalente en la actualidad. 

El cocoliztli (que significa “la gran plaga”) era una enfermedad letal que provocaba fiebre muy intensa, dolor de cabeza, tórax y abdominal, ansiedad y vómitos. Los enfermos, que en el 90% de los casos fallecía en 4 o 5 días, se ponían amarillos, comenzaban a enloquecer y les salían úlceras por todo el cuerpo que les hacían sangrar. Por su parte, el matlazahuatl (“la enfermedad con erupción”) también provocaba úlceras, pero era menos letal y menos contagiosa. La primera epidemia de cocoliztli reportada fue en 1545 y se calcula que, en apenas 3 años, provocó la muerte a entre el 70 y el 80% de la población indígena, que entonces oscilaba entre los 20 y 25 millones, según Acuña. En total se han contabilizado 12 epidemias de cocoliztli y 12 de matlazahuatl que acabaron aproximadamente con el 90% de los habitantes de la zona. 

El investigador descubrió que ambas enfermedades afectaban principalmente a los indígenas, a pesar de que tanto la población autóctona como los colonizadores españoles convivían en sus actividades cotidianas en los mercados o el trabajo. La única diferencia encontrada, es que ambos tenían una nutrición diferente. Así también, que ambas epidemias se asociaron con importantes cambios climáticos. Así, el cocoliztli solía producirse 2 años después de períodos de gran sequía, mientras que el matlazahuatl 2 años después de épocas de lluvias. Estas epidemias, que se extinguieron en el siglo XIX, estuvieron centralizadas principalmente en el altiplano mexicano y guardaban frecuentemente relación con la altitud, de modo que cuanta mayor era, más mortalidad había. Tal y como señaló Acuña, el trabajo de investigación continúa.” (Resumen tomado de una publicación periodística de la Agencia Efe, 20 de febrero de 2009).