El Gobierno soltó el control de las elecciones hace apenas 25 años con «la reforma electoral definitiva» que el presidente Ernesto Zedillo ofreció en su toma de posesión. «Ha llegado el momento en que la democracia abarque todos los ámbitos de la convivencia social. (…) Con hechos construiremos un régimen presidencial mejor equilibrado por los otros poderes del Estado; estaré en diálogo permanente con todas las fuerzas políticas y sujeto al escrutinio de la libre crítica ciudadana», dijo ante Carlos Salinas de Gortari, su predecesor y principal destinatario del mensaje.

Salinas sometió al Congreso y a la Corte después de ganar la presidencia en unas elecciones fraudulentas. Legitimado por el PAN y los poderes fácticos, desdeñó a las demás fuerzas políticas, en particular al PRD, cuyos principales líderes habían renunciado al PRI por la negativa de ese partido a democratizar la selección de candidatos. «Ni los veo, ni los oigo», replicó Salinas a los diputados de izquierda que lo increparon en la lectura de su último informe. Candidato emergente por el asesinato de Luis Donaldo Colosio, atribuido al círculo cercano del Presidente, Zedillo tomó nota de todo. Su reforma independizó al Instituto Federal Electoral (IFE), creado en 1990, y posibilitó la alternancia.

El panista Vicente Fox ganó la presidencia en 2000, pero el sector duro del PRI se aferraba al poder con uñas y dientes. Zedillo impidió el albazo antes de la medianoche del 2 de julio con un mensaje a la nación en el cual reconoció la derrota de su partido, ante el asombro de tirios y troyanos. «No todos los priistas apoyaron sus sustantivas reformas. Probablemente, los sectores más reaccionarios del partido ya lo abominaban, porque buena parte de los cambios electorales y políticos ejecutados durante su Gobierno (de 1994 a 2000) abrieron el camino a la derrota del partido este domingo» (Juan Jesús Aznárez, El País, 03.07.2000).

La actuación del IFE fue intachable y crucial para encauzar la alternancia. Las reformas del presidente Zedillo crearon condiciones para garantizar el cambio de partido en el poder si los votantes tomaban esa decisión, y así lo hicieron para poner fin a la dictadura perfecta. «El IFE de José Woldenberg», como aún se le recuerda, no ha sido superado. Era menos oneroso, su estructura más ligera (los seis integrantes del consejo general procedían de la academia y no tenían vínculos con los partidos) y sin afanes protagónicos. Seis años después, el órgano perdió prestigio dentro y fuera del país. Si en 1988 el Gobierno suspendió el conteo de votos cuando Cuauhtémoc Cárdenas aventajaba a Salinas de Gortari, en 2006 el IFE, ya bajo la presidencia de Luis Carlos Ugalde, detuvo la información cuando Andrés Manuel López Obrador se perfilaba como ganador por encima de Felipe Calderón. Ugalde y varios consejeros fueron defenestrados.

La historia se repitió en la elección de 2012. En vez de sancionar a Enrique Peña Nieto por gastar más de 4 mil 500 millones de pesos en su campaña (el tope era de 350 millones), según la investigación de un grupo plural de la Cámara de Diputados, el IFE hizo la vista gorda. El PRD impugnó el resultado por el sobregasto y el financiamiento irregular (lavado de dinero), pero el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación ratificó el triunfo del candidato del PRI. Marcelo Odebrecht (presidente de la multinacional brasileña que financió campañas políticas y sobornó a Gobiernos de 10 países de América Latina a cambio de contratos) y Emilio Lozoya, exdirector de Pemex, confirmarían ante autoridades judiciales el flujo de recursos ilegales a la campaña de Peña.