Fundado por padres jesuitas, el Colegio de San Juan en Saltillo fue una institución pionera en educación media y superior clásica en el norte de México, operando hasta 1914. Destacó por su excelencia académica y formación humanista, siendo semillero de ilustres saltillenses.

Treinta y seis años sirvió a la población de Saltillo el Colegio de San Juan, tiempo en el que atendió a más de 2 mil estudiantes en sus aulas por las que pasaron ilustres saltillenses como Vito Alessio Robles, Dámaso Rodríguez y los hermanos Miguel y José García de Letona.

En el siglo 19, durante el Gobierno de Sebastián Lerdo de Tejada, la Compañía de Jesús fue expulsada de 1867 a 1877, como consecuencia del espíritu anticlerical de las Leyes de Reforma. Durante esos años, la Provincia Mexicana de la Compañía de Jesús en el exilio se estableció en Texas. En el momento que los vientos anticlericales amainaron, los jesuitas exiliados regresaron a Saltillo. Muy pronto se desplazaron a otras ciudades del país, formando nuevos colegios.

En el primer año llegaron a Saltillo tres jesuitas, un colombiano, un catalán y un poblano. Ese año inscribieron a 47 alumnos. El colegio jesuita se inició en una casa con huerta “de aspecto triste”, construida de adobe “sin enjarre ni blanqueo”, contigua al templo de San Juan Nepomuceno y cercana a los manantiales principales de la ciudad, entre ellos el del ojo de agua. En los últimos años, el colegio tenía una edificación sólida, con patios, jardines, capilla, oficinas, cocina, despensas, una biblioteca, tres naves de dormitorios, salas de estudio, gabinetes de física y química; salón de actos, comedor, enfermería, doble frontón, panadería, planta eléctrica, corrales y huerto con vides, manzanas, higueras, hortaliza, y tanque de natación, hasta un observador astronómico donde se registraban los movimientos de los planetas, la velocidad y dirección de los vientos, lluvia, temperatura, presión atmosférica, humedad, nubosidad y heladas, ciclones y depresiones tropicales.

Los alumnos internos provenían principalmente de los estados fronterizos del noreste y otros del centro del país. Aunque el programa completo era de siete años, sólo alrededor de un tercio permanecían el ciclo completo. Del número total de alumnos, el número más grande eran los externos, hijos de las familias saltillenses, pero el número de internos era también significativo. La inscripción de alumnos se estabilizó en alrededor de 200. En 1887 se reportaron 171, siendo 61 internos, 10 semi-internos y 100 externos, y en el último reporte de 1913, cuando habían mermado las inscripciones debido a la lucha revolucionario se reportan todavía 156, de ellos, 72 eran internos y 84 externos. Los aires revolucionarios surgieron y se extendieron por Coahuila de manera muy puntual y muy decisivos entre sus habitantes que apoyaron la campaña a la Presidencia de Francisco I. Madero, que dicho sea de paso era exalumno del Colegio San Juan. Distintos focos de rebelión aparecieron, conformando un clima complicado y de riesgo para el colegio y sus alumnos.

Un nuevo golpe recibió el colegio San Juan en 1914. Según relatan los propios padres y las leyendas, Francisco Villa amenazó y expulsó a los jesuitas por no haber recolectado los recursos que esperaba de ellos, obligando a la suspensión de clases. Más tarde sucedió el saqueo, destrucción y clausura definitiva del Colegio, con la ocupación por parte de las tropas carrancistas que se acuartelaron en el edificio. Según las crónicas los carrancistas destruyeron los gabinetes de física, de historia natural, el telescopio que “se lo repartieron en pedacitos”; también organizaron un gran baile en la capilla y llevaron a cabo otras transgresiones. El antiguo edificio, tras años de deterioro, fue rescatado y sirvió de asiento para dependencias públicas tanto federales, como locales y estales, en fechas recientes fue recinto del Congreso del Estado y de la temible Policía Judicial de Coahuila y sus aulas utilizadas como mazmorras, o áreas de maltrato físico.

Finalmente, el Gobierno de Eliseo Mendoza accedió a convertir el antiguo Colegio de San Juan en el Museo de las Aves (disecadas) de México, gracias a la donación que hizo de ellas el ornitólogo Aldegundo Garza de León.