Una tarde Juárez visitó junto con varias de sus hijas la tumba de su esposa Margarita y ahí les platicó una anécdota, tenía que recibir a un grupo de empresarios norteamericanos y no se le acomodaba el cabello, le pidió a Margarita un limón que era lo único que se lo controlaba, ella se lo puso y lo peinó. Luego le hizo el nudo de la corbata pues Juárez estaba nervioso y no le salía. Margarita le dijo “¡Que inútil eres!”. Juárez les dijo a sus hijas que ella tenía razón, ¡Sin Margarita se sentía un inútil! En ese mismo lugar Juárez tuvo un mareo que lo hizo sentarse debido a un dolor en el pecho, luego otro episodio de dolor en el pecho que le hizo doblarse mientras su secretario particular y amigo personal, Darío Balandrano, le leía las noticias importantes.

El 17 de julio de 1872 por la tarde, Juárez decide no dar su acostumbrado paseo de su carruaje y se va a dormir en su alcoba de Palacio Nacional acompañado de Benito, su hijo menor. Esa noche leyó un libro en francés, en la página 232 que describía la entrada del emperador Trajano a Roma y el inicio de su gobierno de 20 años, Juárez escribió en un pequeño papel: “Cuando la sociedad está amenazada por la guerra; la dictadura o la centralización del poder pueden ser un remedio para aquellos que atentan contra las instituciones, la libertad o la paz”. Esa noche sólo tomó atole, tuvo náuseas que no lo dejaron dormir, por lo que despertó a su hijo Benito.

El día 18 a las 9 horas tuvo que llamar a su médico Ignacio Alvarado quien llegó cerca de las 10. A las 11 tuvo calambres muy dolorosos que lo llevaron a la cama. Tenía el pulso bajo y sus latidos débiles. El tratamiento aplicado, típico de la época, fue arrojarle agua hirviendo en el pecho, cosa que se le hizo luego de colocarle la olla hirviendo en el pecho, con el cual reaccionó. La familia pasó al comedor y se quedó en la recámara con el médico. Benito platicó al médico historias de su niñez y aprovechó para preguntarle si lo suyo era mortal, contestando el médico: “Sr. presidente: ¡Como lo siento!”. Juárez siguió mal. Su familia estaba reunida, hijas, hijo, yernos y amigos que fueron llegando a la sala.

Juárez tuvo la insistencia de los ministros de relaciones exteriores José María Lafragua y el de la Guerra, Gral. Ignacio Alatorre Riva, en esa tarde ambos pidieron ver al Presidente para recibir instrucciones. Juárez en ambos casos tuvo que vestirse y hablar con ellos, escucharlos y darles instrucciones. Los médicos mexicanos Gabino Barreda y Rafael Lucio, que eran los más prestigiados acudieron a Palacio Nacional, pero nada pudieron hacer. Juárez se tendió de lado izquierdo poniendo una mano bajo su cabeza. Muy fatigado, con evidente falta de oxígeno sonrió e inmediatamente murió. Eran las 23.35 del 18 de julio de 1872 cuando los tres médicos reunidos declararon muerto al Presidente.