“En 1797, varios ciudadanos del distrito solicitaron la división de tierras de la misión de San Juan Bautista, pero esto se logró hasta 1829, después de que México consiguió su independencia de España, hasta que las misiones habían sido secularizadas y se había completado la distribución de sus tierras. Para 1810, en que se inició la guerra por la independencia, prácticamente habían dejado de funcionar las misiones. 

El nombre del presidio cambió a Río Grande y un decreto legislativo signado en 1827, cambió el nombre de la población y su categoría, quedando como villa de Guerrero, para honrar al patriota Vicente Guerrero. Del 10 de enero al 16 de febrero de 1836, la villa de Guerrero sirvió en el norte para los movimientos bélicos que organizó el general Antonio López de Santa Anna, para enfrentar las rebeliones en San Antonio de Béxar. En marzo de 1842, Rafael Vásquez, se retiró a la villa de Guerrero después de sus correrías en San Antonio.

En junio de ese año, el general Adrián Woll congregó a sus hombres y sus cabalgaduras en el antiguo presidio y lanzó su invasión de Texas. La última fuerza de la invasión vino a la villa de Guerrero durante la guerra de intervención norteamericana, cuando el 9 de octubre de 1846, el general John E. Wool, acampó su ejército proveniente de Chihuahua cerca del pueblo. 

Después de la guerra, el tráfico cambió cada vez más a Laredo y Paso del Águila, hoy Eagle Pass, dejando a la villa de Guerrero en el remanso, incluso aislado de Piedras Negras hasta la creación de la nueva carretera de Piedras Negras a Nuevo Laredo, que cruzó por la población en los años setenta. La villa de Guerrero tiene como centro la plaza de armas del presidio de Río Grande, los restos arquitectónicos de la misión de San Juan Bautista en ese momento, cada vez estaban más deteriorados. 

Las ruinas de la misión de San Bernardo resistieron al tiempo, pero en la actualidad los restos de la misión de San Juan Bautista quedaron reducidos a un montón de tierra, gracias a la ambición de perturbados cazadores de tesoros, que, apoyados por maquinaria pesada, arremetieron contra sus muros. 

Un estudio histórico que se publicó en 1968, despertó el interés de algunos investigadores por el área de la villa de Guerrero, con tres misiones y un presidio, enfocando sus esfuerzos en su arquitectura, su arqueología y consolidando las investigaciones con las autoridades del Instituto Nacional de Antropología e Historia del gobierno mexicano. El sitio en donde estuvo la misión de San Juan Bautista fue excavado parcialmente, y restauraron las ruinas de la misión de San Bernardo.” (Tomado de la columna periodística “Las Cosas de Coahuila” de Álvaro Canales Santos).