Las reformas electorales de los presidentes Salinas de Gortari, Felipe Calderón y Peña Nieto las precedieron denuncias de fraude y manifestaciones, en algunos casos violentas. En una gira por España, Ernesto Zedillo declaró que su elección había sido legítima (obtuvo el 48.7% de los votos) mas no equitativa. La reforma previa de mayor calado ocurrió en el Gobierno de José López Portillo (1977). La Ley de Organizaciones Políticas y Procesos Electorales abrió la competencia a los partidos de izquierda y a otras formaciones entonces excluidas, pero el Gobierno conservó el control de Comisión Federal Electoral cuya cabeza era el secretario de Gobernación.

Los triunfos de Salinas y Calderón, con el 50% y el 35.8% de los votos, respectivamente, fueron los más controvertidos. Las reformas del primero (promulgadas en 1990 y 1993) crearon el Código Federal de Instituciones y Procedimientos Electorales (Cofipe), para regular los procesos; y el IFE, para darles «certeza, transparencia y legalidad». Los consejeros del IFE (seis) los nombraba el Congreso con las dos terceras partes de los votos, a propuesta del Presidente. También se facultó al instituto para declarar la validez de las elecciones de diputados y senadores, expedir las constancias de mayoría respectivas y fijar topes a los gastos de campaña.

Zedillo no solo fue el presidente menos cuestionado (obtuvo el 48.6% de los votos contra el 29.5% de Diego Fernández de Cevallos), sino también el más audaz, pues su Gobierno sacó por completo las manos del IFE. La reforma de 1994 creó la figura de consejeros ciudadanos, propuestos por las fracciones de los partidos representados en la Cámara baja (ya no por el Presidente), los cuales, a partir de entonces, tuvieron mayoría de votos en el consejo general y aumentaron su influencia en la toma de decisiones. En 1996, el Congreso de la Unión aprobó una nueva iniciativa zedillista para actualizar el Cofipe. El código dotó al IFE de mayor autonomía e independencia, pues desligó por completo al Poder Ejecutivo de su integración. También elevó a nueve el número de consejeros (todos con derecho a voz y voto) y creó la presidencia y la secretaría general. Los consejeros del Poder Legislativo y los representantes de los partidos todavía tienen voz, pero ya no derecho al voto.

Cumplida la doble promesa de una «reforma electoral definitiva» (no lo fue, pero sí representó el fin del partido hegemónico) y de mantener «una sana distancia» con el PRI, Zedillo (por ahora el presidente más demócrata) colocó a los partidos en la tesitura de demostrar su fuerza real en las urnas. El PRI no superó la prueba. Francisco Labastida, exsecretario de Gobernación de Zedillo, perdió frente a Vicente Fox (PAN) por un margen de 6.4 puntos porcentuales. Peor descalabró sufrió el partido que por 71 años monopolizó el poder, en las presidenciales de 2006. Roberto Madrazo cayó al tercer lugar con el 22% de los votos, después de Andrés Manuel López Obrador (35.2%) y Felipe Calderón (35.9%). Si los Gobiernos del PAN hubieran cumplido medianamente sus promesas —sobre todo, la de atacar la corrupción— esa habría sido la muerte del PRI.

Para afrontar la presión por las acusaciones de fraude, Calderón promovió un nuevo COFIPE. En 2007 el Congreso —controlado por el PAN y el PRI— aumentó las facultades del IFE para «fortalecer la confianza y la credibilidad de la ciudadanía en las elecciones federales; regular el acceso de los partidos y las autoridades electorales a los medios de comunicación; promover la participación ciudadana en las elecciones; asegurar condiciones de equidad y civilidad en las campañas…; transparentar el proceso de organización y difusión de los resultados; crear la Contraloría general del IFE con un titular designado por la Cámara de Diputados y crear la Unidad de Fiscalización como órgano con plena autonomía a cargo de un funcionario designado por el consejo general».